La FSMP est structurée autour d'un comité de pilotage composé de dix mathématiciens parmi lesquels les trois directeurs de la Fondation.
Elle est administrée par un conseil d'administration comprenant des représentants de ses fondateurs et de ses partenaires ainsi que des personnalités scientifiques extérieures à son réseau.
Elle s'appuie sur un conseil scientifique formé de personnalités du monde académique et industriel, françaises et étrangères.